Die 501. wurde zusammen mit den Schocktruppen auf Coruscant, weit von den regulären Ausbildungsplätzen der Klonkrieger, zu einer speziellen Eliteeinheit ausgebildet, die direkt unter der Kontrolle von Kanzler Palpatine stand. Somit war sie entscheidend für die Entstehung des Imperiums. Was sie aber im Vergleich zu anderen Klontruppen besonders machte, war die Tatsache, dass ihre Ausbildung streng geheim verlief und Palpatine sie bereits für seine Machenschaften eingeplant hatte. Letztendlich sollte die 501. bei Order 66 ihren vorhergesehenen Auftrag erfüllen - den Untergang der Jedi bewerkstelligen. Die 501. bekam nach und nach mehr Spezialaufträge als jede andere Legion. Im Ergebnis dienten sie jedoch lediglich Palpatines Machtergreifung, und schon bald konnten die Jedi durch die Einsätze der Eliteeinheit getäuscht werden.